本部成立於民國四十五年十二月一日，由澎防部前動員組改編，專司轄區內兵役、動員、後管、編訓工作，迄至六十四年三月二十一日，國防部基於軍事著眼，指令增設警備分區與後備大中隊，兼掌澎湖地區之警備治安及平時實施後備軍人編組與訓練，戰時擔負起『保鄉、保家、保產、保安』之作戰任務，民國八十年八月一日奉命裁撤警備分區指揮部，並同時設立澎湖地區海岸巡防指揮部兼負海岸巡防執行滲透及協助查緝走私、偷渡等任務，輔助社會治安，戰時支援軍事作戰。民國八十九年二月一日奉命軍管海巡分置後，置重點於後備軍人動員、後管業務之推展，以有效支援戰時作戰任務。民國95年4月實施常、後分立，11月更銜為改制為澎湖縣後備指揮部，隸屬南部地區後備指揮部。