本部前身為陸軍54軍
41年改編為屏東縣團管區司令部
47年警備分區指揮部成立兼掌警備與治安業務
81年改銜為屏東縣團管區司令部
91年組織調整，改銜為屏東縣後備司令部
95年因應國防部組織調整，再改銜為屏東縣後備指揮部。