原96軍於民國34年11月15日，以騎兵第二軍改編而成。騎兵第二軍，乃抗戰有力之部隊，改編為96軍時，轄暫12師（師長賀執奎）、暫14師（師長李鴻慈）、暫15師（師長胡金瑗），三個師，軍長為陳金城，36年10月1日，第96軍改編為整編第45師，陳金城改任師長，所屬之三師，均整編為旅，番號為211旅、212旅213旅。96軍於35年9月10日假山東明水，參加明水戰役及危山戰役，9月軍收復明水進剿埔村等地，10月在危山龍山東北地區坧莊鵝莊一帶擊潰匪解放7、9兩個師。39年1月15日，第212師、第241師併編為212師，獨立第39師歸該軍建制，同年5月20日，第87師撥屬該軍，10月1日成立軍官戰鬥團，由原第29、63、92師之幹部編成。

民國41年10月16日，奉國防部令成立於澎湖漁翁島，本部之成立係由原陸軍96軍，軍整編為45軍所屬第39、87、212各師編撥軍官46員，士兵28員組成，當時編制尚缺官兵15員於歸建後始陸續獲得補充銜稱雲林團管區司令部。

為指揮便利與轄區需要，於41年11月15日本部由澎湖移駐彰化溪湖向台中師管區報到歸建同月24日正式進入管區駐斗六鎮，始進駐斗六鎮中正路二號之一現址，掌理兵役與動員業務。

民國44年5月間奉命改編，各課改制為科，同年10月增設幹部隊，負責訓練甲種國民兵。民國45年7月幹部隊奉命裁撤，同年12月奉國防部令，改編為甲種團管區。

47年8月10日奉令成立警備分區指揮部，由團管區司令兼掌警備與治安業務，50年3月奉命成立管區後備部隊，負責後備軍人編訓工作。51年4月修改編制，奉核定為乙種團管區，52年6月奉命改稱為雲林縣團管區司令部。

54年6月役政科修改為後管科，69年7月1日增設警備後備第一營常設幹部12員，71年1月行政科裁併入後勤科。

民國74年9月15日「永固演習」，本部接管漁船筏出入海岸檢查管制業務，納編台西、箔子寮兩個檢查管制所，下轄15個檢查管制站，76年7月15日「博愛專案」檢管業務移交警察接替，本部另同時成立箔子寮警備所，下轄警備站（四）負協調督導、結合責任區內軍、憲、警執行海岸警備任務，78年1月為因應海岸警備任務需要，奉命編成海豐、海口、箔子寮、金湖等四個警備據點，強化協調、督導、綜合功能，並負夜間巡邏任務。

民國81年3月1日成立主計組，為本部一級單位，同年8月 日任務調適，警備分區指揮部奉命裁撤，將警備科改編為作戰科，後勤科改編為行政科，編訓科裁併入後管科，同時政戰處下設綜合、後服科。本部組織編制為參謀主任室，政治作戰處，並設作戰、動員、後管、行政、綜合、後服各科，警備後備營，主計組，勤務排等單位，負責執行責任地區後備軍人管理、動員、服務及民防等業務。

民國82年4月1日任務調適，原海岸據點奉命裁撤，支援據點兵歸建，各科、勤務排，組訓工作改隸作戰科，電腦室業務改後管科。

民國87年7月1日原行政科改人事後勤科，編訓科裁併作戰情報科，政戰綜合科併政戰處，於88年7 月1日因應「精實案」調整編組。原政戰處下設之後服科於89年11月1日歸軍事幕僚管理。

民國90年8月16日至90年12月31日，整修雲林縣後備司令部辦公大樓及新建鋼構屋（餐廳、男女官寢室）。

民國91年1月1日後備營移編後備旅，91年7月1日後備總隊(斗六總隊、北港總隊)成立。

民國91年3月1日改銜雲林縣團管區司令部改制為雲林縣後備司令部。

民國93年4月1日後備軍人服務科少校政參官、人事後勤科少尉軍醫官、因精進案精簡員額。動員科緩、逐、儘召業務移交後備軍人管理科。

民國93年7月1日原政治作戰處改制政治作戰主任室中校參謀主任、中校政治作戰處長職缺調整為上校參謀長、上校政治作戰主任；同時上校副司令因精進案精簡員額。

「公正營區整建工程」於93年11月5日開工，於94年10月完工。

民國94年2月1日政治作戰主任室中尉政戰官、後備軍人管理科少校訓練官、作戰情報科中尉訓練官、中尉防空官、中尉化學兵官、勤務排中士副班長兼修護、中士電腦硬體維護，因精進案精簡員額。

民國94年4月1日後備軍人服務科中校動員連絡官、動員科中校教育參謀官，因精進案精簡員額。

民國95年1月1日政治作戰主任室監察官改編直屬司令室；政治作戰主任室保防室移編作戰情報科；作戰情報科更改名稱為戰備訓練科；後備軍人服務科業務移由政治作戰主任督導；政治作戰主任室中校政治作戰參謀官，因精進案精簡員額；政治作戰主任室因組織調整增編上尉政治作戰官、上士政治作戰士各1員。

民國95年3月1日「雲林縣後備司令部」銜稱修改為「雲林縣後備指揮部」，主官銜稱「司令」修改為「指揮官」；因精進案組織調整，上校政戰主任、上校參謀。長調整職缺為中校政戰處長、中校參謀主任。

民國96年4月1日後備軍人服務科?編動員士1員；動員科增編動員士2員。

民國96年11月1日雲林縣後備指揮部動員科、後備軍人管理科合併為「動員後管科」，精簡後管科中校科長一職，原動員科科長擔任動員後管科科長。

民國97年4月1日恢復上校副指揮官乙職。

民國97年7月1日動員、後管分業分流，由動員科少校動員官調整職缺，增設少校後備軍人管理科科長乙職。

民國98年11月1日上校副指揮官乙職降編為中校副指揮官乙職。

民國99年11月1日丙種後備旅增編第1營營部連情報士、通信作業士、重兵器保養士及第1營兵器連兵工補給士等4員中士職缺；第1營營部連兵工補給士、通材保養士、工兵機械士及各步兵連軍械士等6員下士職缺。v

民國101年1月1日精減政戰處長室上尉政戰官、戰訓科上尉化學官、動員科上尉動員官、後管科上尉兵行官、後服科上尉動員官、勤務排下士通材保養士1員、步槍兵2員、傳達兵1員、化學兵1員、汽駕兵2員、無線電話務兵2員、電腦維護兵1員、後備營下士軍械士2員，共計17員；增編後備營士官督導長、主計室上士預財士1員職缺。

民國102年1月1日「政戰處長室」、「人事後勤科」整併簛「綜合科」，「戰備訓練科」裁撤，業務暨人力併入「動員科」，「後服科」編制員額依「一鄉鎮一連絡官」原則編設（不含科長），並調整連絡官軍、士官（含聘僱）配比，條增士官（上、中士）階額以滿足任務實需，原留守體系「縣市留守業務中心」併入縣市指揮部，編成「留守業務科」，經整併後，幕僚編組由7個（5科2室）調整為6個（5科1室）。

民國102年1月1日精減部本部中校副指揮官、戰訓科科長、後服科少校動員官、上尉動員官、勤務排勤務班步槍兵2員；後備司令部建軍規劃組上校組長轉用後備旅旅長室上校副旅長、政戰處長室中校政戰處長轉用部本部中校政戰處長，政戰處長室少校、上尉政戰官、上士政戰士、雇二保防員轉用綜合科原職務，政戰處長室上尉監察官轉用部本部上尉監察官，人勤科中校科長、少校人事官、少校後勤官、上尉通信官、士官長後勤士、上士文書士、雇二通信員轉用綜合科原職務、人勤科上士行政管理士、上士經理補給士、上士檔案管理士等3員轉用後服科上士動員士、戰訓科少校作戰官、上尉訓練官、上尉情報官、上士作戰訓練士轉用動員科原職務，戰訓科上尉空業官轉用綜合科上尉後勤官，後服科上尉動員官1員轉用動員科原職務，中尉連絡官2員轉用臺南市後備指揮部後服科中尉連絡官，後服科雇二資管員轉用後管科雇二資管員、勤務班中士食勤士轉用行政班經理補給士、下士彈藥補給士轉用勤務班下士食勤士、後備營營部組中士預算財務士轉用中士人事士，補給組下士後勤士轉用部本部勤務排通資電班下士無線電報務士，留守業務中心少校主任、上尉撫卹官、聘三撫卹員2員、聘一撫卹員轉用留守業務科原職務、中部地區後備指揮部勤務隊上士檔案管理士轉用後管科上士動員士、北部地區後備部隊訓練中心上士工兵助教轉用動員科上士動員士、上士通資電助教轉用後服科上士動員士、中部地區後備部隊訓練中心上士通資電助教轉用後服科上士動員士、中士工兵助教轉用勤務排行政班預財士、南部地區後備部隊訓練中心行政組中士作情士轉用綜合科政戰士、中士通資電助教用後服科中士動員士；勤務班步槍兵修銜機槍兵、行政班下士兵工修護士修銜勤務排行政班文書士、行政班駕駛兵修銜行政班上兵文書兵、通資電班下士通材保養士修銜有線電作業士。

民國102年4月1日精減勤務排行政班經理兵2員、行政兵1員。

民國102年7月1日綜合科少校政戰官精減。

民國102年11月1日精減綜合科少校後勤官、動員科上尉情報官、後服科上尉連絡官及後管科電子資料作業員等4職缺；另綜合科上士政戰士轉用後服科上士動員士。

民國108年8月1日後服科原編中尉連絡官乙職調整為少尉連絡官職缺。

民國109年1月1日精減主計室預財士、動員科上士動員士職缺。