全民防衛動員區分行政動員及軍事動員，動員準備階段結合施政作為，完成人力、物力、財力、科技、軍事等戰力綜合準備，以積儲戰時總體戰力，並配合災害防救法規定支援災害防救；動員實施階段統合運用全民力量，支援軍事作戰及緊急危難，並維持公務機關緊急應變及國民基本生活需要，其執行機關如下：

1. 行政動員：由中央各機關及直轄市、縣 (市) 政府負責執行。
2. 軍事動員：由國防部負責執行，中央各機關配合辦理。
3. 由國防部後備指揮部擔任，動員準備階段協調行政動員準備執行機關，掌握責任地區內之動員能量，協力軍事動員準備，並協助地方處理災害救援事宜，動員實施階段協調整合行政動員準備執行機關將所積儲之人、物總力，迅速轉化為具體實質戰力，以支援軍事作戰或緊急危難所需。