「國防部後備指揮部」是一個負有光榮使命、歷史傳承的軍事單位。本部自民國三十四年九月一日於重慶市成立「臺灣省警備總司令部」起；「警備治安、動員管理」為本部自初肇時期至今所賦不變任務，隨後因時代脈動與潮流所趨，本部組織調整，於任務上增加「海岸巡防及後備軍人組訓與服務工作」以應時需，茲陳述如后：

34年—53年

民國三十四年九月一日，在重慶市正式成立「臺灣省警備總司令部」；民國五十三年七月一日新編成立「臺灣軍管區司令部」，「軍管區司令」由「臺灣警備總司令部總司令」兼任，全銜為「臺灣警備總司令部兼軍管區司令部」，其任務性質除軍事外，兼及政治、經濟，主要為執行推動警備、 保安、民防、動員四大工作。

53年—81年

民國五十三年七月一日國防部裁撤動員局，成立「臺灣軍管區司令部」，由「臺灣警備總司令部」兼任，下設動員處與後備軍人管理處及政訓處（隸屬政戰部），執行臺灣地區兵役動員工作及推動後備軍人組織、宣傳、社調、服務等四大組（政）訓工作，以奠定後備動員基礎。

81年—89年

民國81年11月1日奉國防部核定將「臺灣軍管區司令部更名為「軍管區司令部」，本部全銜改為「軍管區司令部兼海岸巡防司令部」其主要任務為負責後備軍人管理、動員、服務及臺澎地區海岸巡防，戰時兼負警備作戰為因應解除戒嚴及政治環境邁入民主憲政趨勢。

89年—91年

民國89年1月，立法院三讀通過「海巡法」，於同年（89年）2月1日軍管、海巡分置，海巡單位移編新成立之「行政院海巡署」，本部恢復銜稱為「軍管區司令部」，主要掌理動員、管理、服務三大工作及戰時警備治安。

91年—101年

民國91年3月1日；本部銜稱修訂為「後備司令部」，民國95年1月1日，原聯合後勤司令部「留守業務署」編組體系及業務移編本部，修訂銜稱為「留守業務處」，負責現役軍人保險、撫卹、照護等工作。

102年—110年

本部銜稱修訂為「後備指揮部」。

111年—迄今

民國111年1月1日，本部改隸「全民防衛動員署」，銜稱修訂為「全民防衛動員署後備指揮部」，主要任務為策劃執行動員、管理、服務、民防工作、建立後備潛力。